El diseño del NAIM se orienta como teoría y doctrina arquitectónica y de ingeniería hacia la sustentabilidad.

Ha estado sujeto a un estricto escrutinio ambiental, desde la propia Manifestación de Impacto Ambiental y la resolución de la autoridad hasta los desafíos de mitrigación y compensación, así como los planes de manejo ambiental.

Sigue escrupulosamente la resolución de la autoridad ambiental en cuanto a obras y medidas de mitigación y compensación, y desde su diseño ha buscado minimizar su huella ecológica en materia de uso del agua, emisiones de gases de efecto invernadero, uso de la energía y utilización de materiales, así como en lo que respecta a accesibilidad y movilidad a través de medios colectivos.

La Certificación LEED (Leadership in Energy and Environmental Design o Liderazgo en Energía y Diseño Ambiental), es una certificación otorgada, a partir del año 2002, por el Consejo de Edificios Verdes de Estados Unidos (U.S. Green Building Council), que evalúa, a través de acciones objetivas de diseño y parámetros cuantificables en el proceso de construcción de edificios sustentables de alto rendimiento, el manejo óptimo y la utilización eficiente de los materiales, la energía, el agua y el manejo de los desechos, de una manera amigable con el medio ambiente.

Actualmente se trabaja en la certificación LEED Platino V4, para el Edificio Terminal y la Certificación LEED Oro para la Torre de Control, el Centro de Transporte Intermodal y el Centro de Control de Área.